Este amplio abanico de grupos de interés que integran el sistema despliega sus acciones a través de una gran variedad de instrumentos de intervención y mecanismos de relación, cada uno de los cuales presenta especificidades que afectan a su gestión y que añaden, si cabe, mayores dosis de complejidad.

No existe una clasificación universalmente aceptada sobre los instrumentos propios que utilizan los diferentes actores que forman el sistema de cooperación y ayuda al desarrollo. De manera muy general, suele hablarse de programas y proyectos, nuevos instrumentos -enfoque sectorial, apoyo presupuestario, fondos globales, etc.-, cooperación técnica, ayuda humanitaria y de emergencia, operaciones financieras –créditos con mayor o menor concesionalidad y ligados o no, canjes de deuda, etc.-, hermanamientos o educación para el desarrollo, entre otros. La variabilidad de los instrumentos parece ser uno de los rasgos más característicos del sistema de cooperación y ayuda al desarrollo. La conveniencia y factibilidad de la utilización (o no) de cada uno de los instrumentos disponibles estará supeditada, en cada caso, a los fines que se persigan y a las condiciones del contexto de intervención.